南京兩日自由行攻略如下：
第一天：
南京南站：乘坐捷運3號線到大行宮站，換乘2號線到苜蓿園站下車。
鐘山風景區：換乘景區公交遊玩鐘山風景區，包括明孝陵、美齡宮、音樂台、中山陵和靈谷寺。明孝陵門票70元，美齡宮和音樂台門票各10元，中山陵免費但需提前預約，靈谷寺門票35元。
中華門城堡：坐202路公車到中華門城堡，步行遊玩。
老門東、夫子廟：晚上遊覽老門東和夫子廟，體驗秦淮河夜遊。
住宿：晚上坐捷運1號線到珠江路站，去南京大學附近住宿。
第二天：
總統府：早上前往總統府，成人票價35元。
獅子橋美食街：乘坐95路公車去獅子橋美食街享用早餐。
浦口火車站（注意：目前不對外開放）。
南京大排檔：下午四點半前往南京大排檔排隊取號，享用午餐。
TIPS：
南京大排檔務必在中午10點30分前或晚上4點前排隊，以免等待時間過長。
南京茶顏悅色無法線上點，需掃碼點單後門店排隊現做。
鐘山付費景區只能進出一次，免費進明孝陵注意早上難打車，等20分鐘加價才有司機接。
近期雞鳴寺塔維修，可進。
以上攻略結合了南京的主要景點和美食體驗，希望為您的南京之行提供有價值的信息。