卡方分析的公式主要用於統計樣本的實際頻數與理論頻數的吻合程度，其基本思想是卡方值越大，實際頻數與理論頻數的偏離程度越大。卡方分析的公式主要有以下幾種：
對於R×C的卡方檢驗，通用公式為 x2=∑(A-T)2/T，其中A代表理論頻數，T代表實際頻數。
對於四格表資料，卡方檢驗的卡方值公式為=(ad-bc)2*n/(a+b)(c+d)(a+c)(b+d)，自由度v=(行數-1)(列數-1)。
卡方值基本公式——Pearson (\chi^2=\sum\frac{(O-E)^2}E(\chi^2\geq0))，式中O為實際頻數，E為理論頻數。
以上三種公式都可以用來計算卡方值，但是需要注意的是，卡方值的大小還受自由度的影響，自由度越大，卡方值也會越大。同時，卡方檢驗的理論頻數的計算是根據假設檢驗H0成立的前提下，計算所得的理論頻數。具體計算方法為：對於每個單元格，其理論頻數E=(行合計×列合計)/總樣本數n。