印花稅的會計處理主要取決於所執行的會計準則和政策。
根據《小企業會計準則》，印花稅應計入「營業稅金及附加」科目。而根據《企業會計準則》，印花稅應計入「管理費用」科目。全面試行「營業稅改徵增值稅」後，這一科目名稱調整為「稅金及附加」，適用於所有企業。
此外，某些特定情況下的印花稅處理可能有所不同，例如房地產企業為取得土地而繳納的印花稅，通常會計入「開發成本」中的「土地費用」明細科目，而因受讓土地使用權而繳納的印花稅，由於其形成企業的一項無形資產，應計入「無形資產——土地使用權」科目，並在規定的使用年限內逐年攤銷。