原姓的起源可以追溯到姬姓，具體來自周文王第十六子姬原叔（原公豐）的後代。在西周初期，姬原叔被封於原地（今河南省濟源市西北），建立了原國，其後代以國名為氏，從而形成了原姓。此外，春秋時期晉國滅原國後，將原國的土地封給了晉大夫先軫，先軫因此被稱為原軫，其後代也以原為姓。同樣，晉卿趙衰曾擔任晉原邑大夫，故亦稱原季，其後代也有以原為姓的。因此，原姓至少有2500年的歷史。
在歷史上，原姓的分布和遷移經歷了多次變化。最初發源於黃河北岸的原姓，一直活動在河南地區，後來向東遷移至山東，向南進入河南南部。在漢晉時期，原姓向西擴展至甘肅。到了明朝時期，原姓人口大約有1萬4千人，其中山西是原姓的第一大省，約占全國原姓總人口的一半以上，其他主要分布在浙江、河南、河北等地。
此外，原姓在歷史上也曾有外族基因的流入。在五代十六國時期，後唐明宗朝有蕃人錫里扎拉被賜姓原名知感，全族遂成原姓。清初，黑龍江呼蘭卦爾察人中也有原姓。這兩支的原姓規模雖小，但對漢族原有的原姓的組成沒有大的影響。