在《原神》遊戲中，清籟丸的解密過程包括以下幾個步驟：
船頭篇：
到達甲板，找到四個呈直角的羅盤。將羅盤旋轉至指針兩兩相對，解開謎團，獲得一個寶箱。
在船頭尾部找到雷種子，進入雷結界，為後續任務做準備。此處可以獲得雷神瞳。
進入船艙，找到雷神瞳和普通寶箱，獲得鏽蝕的鑰匙。跟隨小精靈進入解謎房間，解開羅盤謎題，獲得寶箱。
進行翻牌連連看解謎，點亮相同符號的地磚，打開通往下一層的路。
第二層同樣進行翻牌連連看解謎，打開船尾的洞，進入船尾部分。
船尾篇：
通過清籟島上方裂口、船頭篇完結後的通道或清籟島海岸附近的洞口進入清籟丸的船尾部分。
在船尾部分進行大型解謎，清理愚人眾和海亂鬼後，開始解謎。
在解密過程中，玩家需要注意旋轉的角度，最後形成一個正方形。解開謎題後會出現洞口，玩家需要跑進去並往上跑以解開保護罩。使用鑰匙打開箱子，然後使用相同的旋轉方法解開門。如果踩錯了，可以重踩直到解開。解開後地洞會打開，玩家需要踩成一對以獲得地板里的箱子和鑰匙。