反式作用因子是一種蛋白質，它在基因表達調控中發揮著重要作用。這些因子能夠直接或間接地識別並結合到順式作用元件的核心序列上，順式作用元件是DNA序列中的特定區域，不含編碼蛋白質的序列，但具有調控基因表達的功能。反式作用因子包括激活因子和阻遏因子等類型，它們與順式作用元件中的上游激活序列特異性結合，從而促進或阻遏真核生物基因的轉錄。
反式作用因子至少包含兩個關鍵的結構域，即DNA結合域和轉錄激活域，DNA結合域幫助這些因子識別並結合到特定的DNA序列上，而轉錄激活域則有助於增強靶基因的轉錄效率。反式作用因子不僅限於蛋白質，隨著表觀遺傳學的研究進展，某些DNA或RNA片段也被發現具有類似的調控功能。