辦理臺胞證的流程如下：
攜帶必要的證件和資料，包括符合規格的證件相片、有效的臺灣地區身份證、臺灣地區出入境證件等，前往居住地的出入境管理部門提交申請。
如果沒有臺灣地區身份證，可以交驗戶籍謄本或戶口名簿，並留下複印件或電子掃描件。
填寫《臺灣居民來往大陸通行證申請表》，並貼上本人正面免冠彩色近照（規格爲33mm×48mm）。
提交申請後，受理機構會審覈申請材料，如果材料齊全且符合要求，將出具受理回執；如果不齊全或不符合要求，會一次性告知需要補正的內容。
審批機構完成審覈後，會作出批准或不批准的決定。
如果臺胞證遺失，需要先到當地派出所報案，並辦理臨時住宿登記證明。攜帶這些證明、有效的臺灣地區身份證和臺灣出入境證件、書面說明、報案證明以及兩百元辦理費，前往居住地出入境管理部門申請補發新的臺胞證。如果急需離開大陸，可向公安部出入境管理局申請一次性出境有效的臺灣居民往來大陸通行證。