合肥一中的分班方式主要依據學生的成績，並採用「S」形平均分配的方法。具體來說，學生的成績會按照男女生兩大序列進行排列，男女生均按入學成績由高到低排列，並各分成若乾組。每組的學生按照「S」形分組，例如，有第1名的那一組在二輪中便會分進第24名，而第12名的那一組在二輪中則會分進第13名的同學。這樣的分組方式使得每個班級的學生成績相對均衡。
除了理科實驗班外，合肥一中的班級被編號，班主任們通過「抓鬮」的形式來決定自己將要帶的班級。這種分班方式旨在保證公平公正，避免班主任「挑學生」等不良行為的發生。每個班主任抽到的班級學生名單是既定的，隨機且不可更改，從而有效地防止了各種憑關係「挑班」的行為。