合肥市擁有多個研究所，其中包括：
中國科學院合肥物質科學研究院：
組成：由安光所、電漿所、固體所、智慧型所、強磁場中心、核能安全所、健康所等7個研究單元組成。
研究領域：涉及物理學、化學、地球科學等領域。
科研成果：在鐵基超導、全超導托卡馬克等領域取得世界領先成果，多次獲得國家級獎勵。
合作關係：與中國科學技術大學建立緊密合作關係，共同開展前沿科學研究。
中國科學技術大學：
特點：著名的高水平研究型大學，在物理學、計算機科學、天文學等領域有高聲譽。
合肥化學與分子科學研究院：
特點：在安徽省化學領域的重要研究機構，受到合肥市政府的支持，迅速發展起來。
合肥先進製造成型技術研究院和安徽循環經濟技術工程院：
特點：分別致力於推動製造業的升級和轉型，以及關注循環經濟和環境保護領域的研究，均受到廣泛關注。
其他研究所：
包括安徽省煤田地質局、安徽省測繪局等共60家單位，涵蓋多個領域，如地質、測繪、農業科學等。
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