合金彈頭3故事

合金彈頭3的故事發生在M國的一個地下秘密研究所里，因為某個恐怖組織的奪取研究所中的核彈而啟動了應急計畫，主人公為了阻止恐怖組織的野心，展開了自己的冒險之旅

。

遊戲分為序章、第一章、第二章、第三章和尾聲，講述了在一座被藥物實驗後封鎖的城市中，前特種部隊的領袖馬可仕，在成功從研究所中奪取核彈後，開始向恐怖組織發起反擊的故事。