吻合器的使用方法根據不同類型的吻合器而有所不同，以下是幾種具體的使用方法：
無針皮膚吻合器。首先對患者傷口進行止血和皮下縫合處理，清潔傷口並清除所有異物。然後，從梨形紙上剝離並取出無針皮膚吻合器，貼於傷口兩側的皮膚，確保覆蓋整個傷口。拉緊並調整長度，剪掉過長的扎帶，最後用敷料覆蓋傷口。術後觀察傷口情況並進行清理或上藥處理。
包皮吻合器。醫生需在陰莖未勃起狀態下量取周徑以選擇合適的吻合器型號。使用前需在陰莖根部進行局部麻醉。標記需要切除的包皮長度，將吻合器底座套於包皮內板並固定包皮。固定切割手柄後旋緊旋鈕，確保包皮平展且切割長度無誤，然後捏合吻合器約一分鐘後放開，完成切割吻合。
腸道吻合器。首先進行吻合口近端腸的荷包縫合，置入釘座並收緊。然後從遠端插入吻合器，穿出中心穿刺器，與近端吻合器抵釘座中心桿銜接。根據腸壁厚度調整吻合器抵釘座和抵座的距離（一般在1.5至2.5厘米或手旋轉較緊為限），最後用力捏緊合攏吻合扳手。
這些方法都是手術中常用的，操作相對簡單，並且可以減少副作用和手術併發症的風險。