《珊瑚海》歌曲表達了兩段感情的故事，一個是男女主角在遊樂園展開的青澀之戀，另一個則是男女主角在珊瑚海中迷失的愛情
。故事中的愛如同歌中所唱，不斷地走入彼此的心中，產生難以言喻的情愫。對於女主角來說，他或許是戀人、朋友，甚至是生命的信仰，但她卻搞不清楚彼此的關係，只能眼看著愛情在不知情的情況下逐漸遠離。
具體而言，周杰倫的角色把浪當成了琴彈，溫柔的譜寫愛情的兩小無猜，浪拍打著橋洞的旋律，白圍巾在風中飄散的畫面成了杰倫的歌詞畫板。方文山的角色則是借著珊瑚礁的描繪，娓娓道來愛情的迷離。兩人的故事在海的見證下開始，卻也迷失在海里，各自孤單。
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