精液呈咖啡色通常是由於精囊炎導致的陳舊性血精現象，這種顏色的變化表明精液中可能含有陳舊性血液。精囊炎可以引起精囊內出血，而血液在精囊內逐漸被吸收或排出，顏色會從鮮紅色轉變為暗紅色，最終可能呈現咖啡色。大多數情況下，患者通過多次排精可以將這些陳舊性血液排出，精液顏色隨後可能恢復正常。如果反覆出現鮮紅色或大量出血，則可能是精囊炎反覆發作的跡象。在這種情況下，建議使用抗生素治療以減少血精的發生。除了精囊炎，其他可能導致血精的原因還包括前列腺炎、尿道炎、附睪炎、精索前列腺結石、尿道膀胱結石、生殖道梗阻、囊腫、腫瘤、血管異常以及全身性疾病如高血壓、血友病等。
治療方面，建議口服消炎藥和治療精索靜脈曲張的藥物進行調理。如果症狀持續或反覆出現，應到醫院就診，以排除其他嚴重疾病的可能性。