哥打巴托市（Cotabato City）是菲律賓的一個城市，位於棉蘭老島。它是棉蘭老穆斯林自治區的區域中心，但實際上屬於SOCCSKSARGEN大區馬京達瑙省的飛地，西面為莫羅灣。哥打巴托市建立於1520年，下轄37個鎮。該市的基督徒和穆斯林時常發生武裝衝突。
哥打巴托市也是菲律賓棉蘭老島西南部的商業中心，位於棉蘭老河口。人口約為8.4萬（1980年）。由於地勢低窪，為了防止河水泛濫，城市周圍均用石塊壘築，因此有「石城」之稱。
歷史上，哥打巴托省在1966年分出南部設立南哥打巴托省，1973年進一步分為3省：馬京達瑙省、北哥打巴托省和蘇丹庫達拉省。2006年，又從馬京達瑙省中析出部分地區設立了Shariff Kabunsuan省。同年，迪納加特群島省也從北蘇里高省中析出設立。