商姓的起源主要有以下幾個來源：
出自子姓。商姓主要源於商王朝的貴族後裔，以國名為姓。相傳，帝嚳的妃子簡狄誤食燕子蛋，生下契。契長大後因輔佐大禹治水有功，被封於商（今河南商丘），並賜姓為「子」。契的十四代孫湯滅了夏朝，建立了商朝。周武王滅商後，商朝的王族子孫以商為姓。
出自姬姓。商姓還源於春秋時期衛國公孫鞅（商鞅）之後，以封邑名為姓。商鞅投奔秦孝公，因功被封於商（今河南淅川縣西南），其後代以封地為姓，稱為商氏。
此外，還有一些其他來源，例如黃帝的重孫以地名（今陝西商縣）命姓，以及滿族姓氏轉化為漢姓等。商姓在中國歷史上是一個古老的姓氏，其起源和發展與商王朝有著密切的聯繫。