囚犯困境的根本原因在於幾個關鍵因素的相互作用：
個人理性與集體理性的衝突。囚犯們都希望自己能獲得最好的結果，但他們的選擇可能導致集體的非理性結果。
信息不對稱。兩個囚犯不知道對方會做出什麼選擇，只能根據有限的推斷來行動，這可能導致錯誤的決策。
缺乏信任與合作機制。囚犯之間如果不能建立相互信任和合作的機制，就難以達成更好的結果。
私人成本與社會成本的差異。即個人行為的負外部性，這也是一種理性選擇，但這種選擇可能損害他人利益。
這些因素共同導致了囚犯困境的出現，而解決這一困境需要相應的制度設計和社會規範。