截至2021年末，城商行的不良貸款率為1.90%，撥備覆蓋率為188.71%，資產質量保持基本穩定。根據零壹智庫的不完全統計，截至2022年5月20日，共整理了94家城商行的不良貸款率數據，平均值為1.76%。其中，有54家城商行的不良貸款率低於同期銀保監會發布的商業銀行的1.73%平均值，22家城商行高於警示線2%。不良率低於1%的城商行有15家，包括紅塔銀行、溫州銀行、寧波銀行等，其中紅塔銀行的不良率在94家銀行中最低，為0.56%。有7家城商行的不良率大於3%，最高的為遼瀋銀行，達到了6.02%。
在2016年末，城商行不良貸款率為1.48%，較上年末上升0.08個百分點，不良率低於商業銀行平均0.26個百分點。而在2017年，城商行的不良率由一季度末的1.50%小幅上升至四季度末的1.52%，與2016年四季度末的1.48%相比有0.04個百分點的提升幅度。進入2018年，截至二季度末，城商行不良率進一步升至1.57%。