基因功能的研究方法主要包括以下幾種：
基因的生物信息學分析。利用生物信息學軟體對基因序列進行分析和預測，以了解基因的功能和結構。
基因時空表達譜分析。通過測定細胞或組織中RNA或蛋白質的表達水平，了解基因表達的模式和功能。
基因功能預測。使用生物信息學方法或從結構學角度預測基因的功能。
基因敲除和敲入技術。通過隨機突變或特定的基因編輯技術（如CRISPR-Cas9）使細胞或生物體失去或改變特定基因的功能，以研究該基因的功能。
基因過表達。通過轉染或轉化技術使細胞或生物體表達更多的特定基因，以研究該基因的功能。
RNA干擾（RNAi）。利用RNA干擾技術來抑制或減少特定基因的表達，以研究該基因的功能。
體內或體外分子相互作用研究。通過分析蛋白質和DNA、RNA等分子之間的相互作用，了解它們之間的功能和關係。
信號轉導途徑研究。研究細胞內信號轉導途徑，了解基因在細胞生理學和病理學中的功能。
這些方法各有優勢，可以根據研究的具體需求和條件選擇合適的方法進行基因功能的研究。