增值稅留抵退稅的計算方法主要涉及以下幾個方面：
存量留抵稅額和增量留抵稅額。存量留抵稅額是指留抵退稅制度實施前（即2019年3月底）納稅人形成的留抵稅額。增量留抵稅額則是指留抵退稅制度實施後（即2019年4月1日以後）納稅人新增加的留抵稅額。
進項構成比例。這是指2019年4月至申請退稅前一稅款所屬期已抵扣的增值稅專用發票等稅額占同期全部已抵扣進項稅額的比重。
計算公式。允許退還的增量留抵稅額計算公式為增量留抵稅額×進項構成比例×60%。允許退還的存量留抵稅額計算公式為存量留抵稅額×進項構成比例。
綜上，計算增值稅留抵退稅時，需要考慮存量留抵稅額和增量留抵稅額的區別，以及進項構成比例的影響，進而根據相應的公式計算出可退還的留抵稅額。