多粘菌素E的結構式包含一個N-脂肪醯基鏈，一個線性三肽，以及一個七肽環。在6-位胺基酸上，多粘菌素E是D-異亮氨酸(D-Leu)。此外，它還含有脂肪酸鏈，其長短與多粘菌素B有所不同。多粘菌素E的主要組分為A和B組分。