《大航海家3》是一款策略經營類遊戲，主要涉及城鎮建設和航海探險兩個方面，以下是遊戲的基本玩法：
城鎮界面。城鎮界麵包括城鎮詳圖、城鎮縮略圖、標題欄、按鈕工具列和選擇視窗。城鎮詳圖展示了整個城鎮的全貌，城牆包圍的部分是城鎮中心，這裡有各種公共設施。城牆外是建設區域，可以建造工廠和其他建築。城鎮縮略圖位於螢幕右上方，顯示當前顯示的城鎮區域和城鎮中的指定位置。標題欄顯示了城鎮人口、名稱、建築物數量、資金和當前時間等信息。點擊不同的圖示可以查看詳細信息，如居民的情緒和城鎮中的建築。
航海界面。航海界面主要是進行船隻管理和航海探險。玩家可以查看所有船隻的列表和基本狀況，加速船隻航行，查看新聞，建設設施，離開城鎮等。
遊戲策略。遊戲中，任何行動都會影響玩家的聲譽（Reputation），聲譽與金錢的變化量直接相關。例如，在資金較少的情況下進行大額交易，會影響聲譽。建設自己的貿易帝國需要玩家合理規劃和管理資源。在城鎮中，除了自己的老家外，其他城市都要求先建立貿易站（Trading House）才能進行發展。獲得貿易站的許可需要滿足該城市的需求，例如在Riga城市，需要提供大量的鐵製品。
海戰。海戰是即時制的，玩家需要選擇合適的戰術和策略。在戰鬥中，玩家可以控制自己的船隻，使用火炮和長繩狀圖示控制船速和方向。戰鬥中的要點包括選擇合適的作戰方式、注意風向和風力、以及根據云彩的飄動做出戰術調整。
此外，遊戲中的聲譽系統、資源管理和貿易網路也是取得成功的關鍵因素。