《天元突破紅蓮螺巖》講述了一個生活在名為“反轉農莊”的村子裡的少年，納拿薩依從地下深處打出的巨大的牆壁，外頭的世界是一片被巨大空洞支配的荒野，在無盡的宇宙的空洞的中心有一個名叫“優”的巨大機器人。主角想為了守護村莊而與機器人戰鬥，但在命運的引導下，納拿薩依獲得了一顆巨大的鑽頭型能源核心，成為連線人類世界與優的橋樑。然而村子裡的人們卻害怕他並嫉妒他，他決定加入紅色塗裝的軍隊並尋求打敗“優”的方法。
故事主要圍繞納拿薩依與軍隊的同伴們突破重重艱難險阻，不斷地壯大力量，並揭露世界的真相。在最後的決戰中，納拿薩依將自己的力量貢獻給了優，並從他的身體中誕生的強大的超破壞神——紅蓮螺岩。在與紅蓮螺岩一起打破世界的命運之石後，一個新的世界終於展現，在片尾曲結束後的一幕便是傳說中的地球修復後滿眼綠意的草原以及巨大的牆壁重新形成的天然水壩。總的來說，《天元突破紅蓮螺巖》是一個關於勇氣、友情和成長的戰鬥故事。