套式PCR（nested PCR）的原理基於聚合酶鏈式反應（PCR）技術，其特點是在PCR反應中加入兩個或多個不同的引物，每個引物針對不同的DNA序列區域。以下是套式PCR的基本步驟：
模板準備：首先需要準備含有目標DNA的模板。
加入引物：在PCR反應中加入兩個或多個引物，這些引物與模板DNA的特定區域互補。
變性-退火-延伸：在DNA聚合酶的催化下，DNA模板在高溫下變性成為單鏈，然後在低溫下引物與單鏈DNA結合，形成復性雙鏈。最後，在DNA聚合酶的最適溫度下，DNA鏈被延伸，從而合成新的DNA鏈。
循環熱循環：套式PCR依賴於熱循環系統，通過反覆的加熱和冷卻，在不同的溫度下進行變性、復性和延伸反應，以實現多輪的DNA擴增。
產物檢測：擴增後的產物可以通過電泳、螢光檢測或其他分子生物學方法進行檢測和鑑定。
套式PCR能夠特異地擴增目標DNA序列，廣泛套用於遺傳疾病的診斷、基因克隆、序列分析等多個領域。