在《進擊的巨人》中，女巨人哭泣的原因主要包括以下幾點：
任務失敗：女巨人因爲未能完成任務而感到沮喪。
無辜者的死亡：她在執行任務的過程中殺死了許多無辜的人，這讓她感到極度內疚和痛苦。
無法改變現狀：儘管女巨人本意並非如此，但她感到自己無助，無法改變已經發生的事情。
無法回家：女巨人無法回到自己的家鄉，這種與親人和熟悉環境的隔離增加了她的孤獨感和悲傷。
對父親的思念：她無法見到自己的父親，這種親情上的缺失也是她哭泣的原因之一。
綜上所述，女巨人的淚水是由於多重壓力和情感負擔疊加的結果，這些包括任務失敗、無辜者死亡、無法改變現狀、無法回家以及對父親的思念。