加持水的方法有多種，以下是兩種常見的方法：
觀想加持法。首先，用中指和無名指形成一箇平臺，食指、小指和大拇指三個方向豎起，形成一箇手印。然後觀想觀世音菩薩放出白光，這個光柱射向十法界，使整個法界清淨。同時，觀世音菩薩心中放出更強的白光光柱，射向需要加持的水，使水也發出白光，充滿十法界。在這個過程中，可以唸誦“觀世音菩薩”三遍，並在唸誦“南無大悲觀世音菩薩”時，觀想白光光柱強烈射向需要加持的水，使水也變成白色。通過這種方式加持的水，據說非常靈驗。
唸咒加持法。首先，可以焚香禮佛，如果沒有條件，也可以直接進行加持。合掌唸誦藥師佛聖號十聲，準備乾淨的白開水，對着水唸誦藥師咒。通常藥師咒的誦讀以49遍或108遍爲單位。在唸咒的同時，觀想藥師佛放出光照耀水，這樣加持的水也被認爲具有特別的效力。