孔姓的起源較為複雜，涵蓋了多種來源和歷史背景。
孔姓的起源主要有以下幾個來源：
宋國大司馬孔父嘉。孔姓的主要源頭之一是商朝開國君主成湯的後代，他們在西周初期被封於宋國。孔父嘉是宋國大司馬，因遭權臣陷害，其子孫逃亡至魯國，並以孔作為姓氏，孔子就是孔父嘉的後代。
姬姓後代。包括春秋時期衛國大夫姬孔悝和陳國大夫媯孔寧的後代，他們也都以孔為姓。
滿族中的孔姓。滿族中的孔姓來源於孔果洛氏、孔尼喇氏等，他們居住在黑龍江流域等地。
其他來源。如土家族、苗族、回族等部分少數民族因歷史上的政策改變，將姓氏改為孔。
歷史上，孔姓主要發源於山東曲阜，隨後在全國各地分布，特別是在秦漢時期和宋朝期間，孔姓人口有顯著增長。孔子作為孔姓最著名的代表人物，其學說和思想對後世產生了深遠的影響。