製作家庭酵素的方法有多種，以下是幾種常見的製作方法：
水果酵素。首先準備水果（如蘋果、橙子、獼猴桃），洗淨後切成小塊，葡萄去皮並壓出汁，將所有水果放入發酵瓶，最底部放置水果，一層水果一層白糖，逐層疊加，最上層撒上一層白糖，加入冷開水，水位要沒過水果，但不要超過瓶口兩公分，蓋上瓶蓋，置於陰涼乾燥處，等待發酵，發酵時間約為一個月，期間每天需要打開瓶蓋放氣並攪拌。
環保酵素。利用果皮、蔬菜皮、紅糖和水製作，按照1份糖、3份果蔬皮、10份水的比例混合，放入密封容器中，留出大約1/3的空間以產生氧氣，第一個月每天需要打開瓶蓋放氣並攪拌，從第二個月開始則不需要放氣，發酵時間至少為三個月。
飲用酵素。使用水果製作，水果種類越多越好，發酵時間比環保酵素長，至少需要六個月，飲用酵素適宜使用天然蜂蜜，製作過程中，容器上可以寫上一些正面的標語，如「我愛你」「感恩你」等，有助於酵素的發酵。
每種方法的具體步驟和比例可能有所不同，但基本原理是相同的，即利用水果和糖的發酵過程來製作酵素，需要注意的是，酵素的製作過程中要避免油脂的污染，並且要放在陰涼乾燥處，避免陽光直射。