《秘密花園》是一部關於成長、友誼和愛的電影，講述了瑪麗·倫諾克斯的故事。瑪麗是一個在印度地震中失去父母的小女孩，被送到英國約克郡的克萊文莊園與她的親戚克萊文勳爵一起生活。莊園中有一個被鎖上的花園，這個花園曾經是克萊文勳爵妻子最喜歡的，但她不幸在花園的鞦韆上摔死，從此克萊文勳爵認為花園是不祥之地，並封鎖了它。
瑪麗在莊園裡發現了一個塵封已久的秘密花園的鑰匙，並通過知更鳥的指引找到了花園的門。她開始在莊園裡尋找自己的樂趣，並結識了性格乖戾但善良的花匠季元本和友好伶俐的知更鳥。在迪肯的帶領下，瑪麗和季元本一起在秘密花園裡耕種，使花園煥發出了生機，到處充滿了大自然的魔力。
同時，瑪麗在莊園裡還遇到了克萊文勳爵的兒子柯林，一個因母親過世而自我幽禁、臥病在床的男孩。瑪麗不斷秘密地去看望柯林，並鼓勵他克服走路的恐懼。最終，柯林在瑪麗和迪肯的陪伴下開始坐輪椅去秘密花園遊玩，並逐漸變得英俊、生氣勃勃。
克萊文勳爵在愛妻過世之後變得陰鬱古怪、消沉遁世，他每次見到長著和媽媽一樣漂亮面容的兒子柯林，都會引起更大的悲傷，於是他選擇逃避，終年在外漂泊。然而，他在夢中聽到妻子召喚他回到花園，於是他決定回家，並最終在秘密花園裡找到了久違的快樂，與兒子重逢，瑪麗也成為了他家庭的一員。
影片通過瑪麗和柯林的故事，展現了與自然親近、克服困難和恐懼、以及家庭和愛的力量。儘管影片在花園的視覺效果和「秘密」的深度上可能沒有達到觀眾的預期，但它仍然是一部充滿夢想和愛心的電影。