捕捉寶可夢神獸的方法有多種，以下是一些常見的方法：
在特定地點使用石板捕捉。在221號道路的公園內，用挖來的碎片兌換石板，然後挑戰特定的神獸。挑戰順序通常是雷吉家族（巖、冰、鋼三柱）、三獸（炎帝、雷公、水君）、三鳥（火焰鳥、極凍鳥、閃電鳥）、水都（拉迪奧斯、拉迪亞斯）、鬼龍（騎拉帝納），以及蓋歐卡、古拉頓、裂空座等。捕捉時，建議帶上有利於捕捉的寶可夢和足夠的球。
在特定地點直接戰鬥捕捉。如水君在128號水路的小洞裏，雷公在神之領域中，炎帝在熱炎小徑的深處，閃電鳥和急凍鳥在流星瀑布和寒冰小徑的洞穴深處，火焰鳥在冠軍之路的第二層，鳳王和洛奇亞在卡綠隧道下方的瀑布後的神之領域等。
使用狩獵場捕捉。在遊戲中達到38級後，可以通過狩獵場捕捉神獸。在狩獵場中，可以使用狩獵券進行捕捉，而且有保底機制，即在連續捕捉失敗十次後，第十一次必定能捕捉到神獸。
使用特定道具和方法。在某些情況下，可以使用特定的道具和方法來捕捉神獸，例如在隨意鎮的遺蹟中使用電吸精靈觸發機關來捕捉雷吉奇卡斯，或者在對戰開拓區找到光狼並打敗他後觸發機關來捕捉鬥雄獅。
每種方法都有其特定的條件和技巧，需要根據實際情況選擇合適的方法進行捕捉。