寶可夢朱和紫版本的主要區別包括：
封面神獸和交通工具不同。朱版本的神獸故勒頓，以腳跑的方式移動；紫版本的神獸密勒頓，使用酷炫的機車作為移動方式。這兩隻神獸不僅外觀不同，也是遊戲中玩家的主要交通工具。
獨占寶可夢不同。朱版本有幼基拉斯、沙基拉斯、班基拉斯、巨石丁、紅蓮鎧騎、故勒頓等獨占寶可夢；紫版本有寶貝龍、甲殼龍、暴飛龍、冰砌鵝、蒼炎刃鬼、密勒頓等獨占寶可夢。儘管這些寶可夢是獨占的，但玩家可以通過與其他版本擁有者在線上交換來獲取另一版本的寶可夢。
故事和角色不同。朱版本的博士是一位對古代歷史感興趣的女性奧琳；紫版本的博士是一位對未來感興趣的男性弗圖。此外，兩個版本的學校環境、NPC（非玩家角色）以及道館設定順序也有所不同。
遊戲場景和服裝不同。朱版本基調為紅色，場景和服裝偏向橘色調；紫版本基調為藍色，場景和服裝偏向葡萄色調。
儘管存在這些差異，遊戲的主要內容在兩個版本中是相同的，包括大部分寶可夢的種類和遊戲機制。