小琉球老榕樹的故事有很多，以下是其中兩個：
* 相傳很久以前，這棵榕樹是長在海邊的一棵小不點兒的小樹苗，有一天，一個出海捕魚的漁民救了它，使它免遭風浪。榕樹為了報答漁民的救命之恩，就將自己的一部分根扎在土裡，讓漁民可以來乘涼。
* 還有一個故事是關於小琉球老榕樹和一位年輕漁民的。一天，這位年輕漁民出海捕魚時，他的戀人被惡霸搶走了。為了尋找戀人，他歷經千辛萬苦，終於來到了海邊這棵榕樹下，得到了力量。在他的堅持和努力下，兩人最終重逢並幸福地生活在一起。從此以後，他們每天都會來到這裡，向榕樹祈禱幸福和美滿。
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