巨齒鯊的滅絕是一箇複雜的過程，主要歸因於以下幾個因素：
環境變化。大約150萬年前，地球的水循環發生了變化，導致海洋上升流減少。這進而導致了海洋中食物的缺乏，包括鯨魚的死亡和多樣化鯨魚品種的減少。由於巨齒鯊主要以鯨類爲食，食物的缺乏直接導致了巨齒鯊種羣的萎縮。
水溫降低。兩極的海水變冷，使得鯨魚能夠逃避巨齒鯊的捕食，進一步減少了巨齒鯊的食物來源。此外，較冷的海水還導致了多達三分之一的大型海洋動物的滅絕，對巨齒鯊構成了嚴重威脅。
地理分佈的變化。雖然巨齒鯊的地理分佈在溫暖期和寒冷期並沒有顯著變化，但其他環境因素的綜合影響可能導致了它們的滅絕。
綜上所述，巨齒鯊的滅絕是一箇由多種環境因素共同作用的結果，包括食物缺乏、水溫降低和海洋生物多樣性的減少等。這些變化綜合起來對巨齒鯊構成了致命威脅，最終導致了它們的滅絕。