分辨巴西龜的公母可以通過以下幾個特徵：
觀察尾巴。公龜的尾巴通常較長且粗，而母龜的尾巴較短且細。
觀察前爪。公龜的前爪通常較長，而母龜的前爪較短。
觀察泄殖孔。公龜的泄殖孔位於尾巴的後部，距離腹甲後緣較遠，形狀細長；母龜的泄殖孔位置較靠近腹甲後緣，形狀圓形。
觀察腹甲形狀。公龜的腹甲中央略微向內凹陷，母龜的腹甲平坦。
觀察體型。同齡的個體中，公龜通常體型較小，母龜體型較圓厚。
需要注意的是，對於幼年龜（個體重250克以下），由於性未成熟，性別難以鑑定。此外，某些店家聲稱可以通過觀察腹甲花紋來判斷性別，但這種說法沒有科學依據。