巴厘島的故事劇情主要講述了韓智媛（孫藝珍飾）和李莞（玄彬飾）這對夫妻在經歷磨難後最終又重新在一起的故事。
妻子智媛是一個性格堅強的女子，她在酒店工作，努力追求事業成功。丈夫莞是一個普通公司職員，性格內向，不善言辭。某日，莞因救溺水兒童而溺亡，卻因為一些原因其家屬沒有得到應有的賠償。之後智媛受到老闆鍾路丈夫出軌和其丈夫癌症晚期即將失去腎源的刺激後選擇了離家出走。出走的智媛遇見醫院工作的鐘先生，原本對她並不報希望的鐘先生，為給予她無條件的包容而對鍾路的情感開始扭曲，他們展開了彼此生活里都無權干涉的另一種愛情。最終，在經歷了一系列的波折後，智媛和莞重新在一起，共同面對生活中的困難和挑戰。
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