蓮藕變色主要是由於酶促褐變和化學反應造成的。蓮藕中含有豐富的酚類物質和酚氧化酶，當蓮藕組織被破壞，氧氣侵入時，這些物質會發生反應，導致褐色色素的形成。此外，蓮藕中的鐵質與空氣中的鐵離子接觸後，也可能發生化學反應，導致變色。高溫高濕的環境也會加速蓮藕變色過程。
為了避免蓮藕變色，可以在烹飪前用檸檬酸處理蓮藕，因為檸檬酸能降低pH值，抑制酚氧化酶的活性。其他方法還包括使用保鮮膜覆蓋蓮藕，或將其放入冰櫃或陰涼處儲存，以減緩氧化反應；在烹飪時，先從切口處切開整個蓮藕，然後馬上進行烹製，使用炒、煮等加熱方式可以避免氧化；加入抗氧化食物（如姜、蔥、蒜、辣椒等）中和蓮藕的色澤；分段烹飪並及時食用，避免囤積以減少變色。儘管變色可能影響外觀，但它並不意味著蓮藕的營養價值降低，變色的蓮藕仍然可以食用並保持原有的營養成分。