微生物是一類個體微小、結構簡單的生物，它們體積小、面積大、吸收多、轉化快、生長旺、繁殖快、適應強、變異頻、分布廣、種類多，在自然環境中無處不在。
微生物包括病毒、細菌、真菌、放線菌、立克次體、支原體、衣原體和螺旋體等類別。這些生物通常只能通過顯微鏡看到，其中一些是單細胞的，一些是多細胞的，還有一些是沒有細胞結構的。它們在健康、醫藥、工農業、環保等多個領域都有廣泛的套用。
儘管有些微生物，如某些真菌和大型食用菌（如蘑菇和銀耳），可以用肉眼看到，但大多數微生物仍然需要顯微鏡才能觀察。微生物在維持生物圈的物質能量循環中起著關鍵作用，但某些微生物也能引起疾病，如SARS和愛滋病等。