微生物污染的危害主要體現在以下幾個方面：
食品污染。微生物是造成食品污染、腐敗變質的重要原因，食用被微生物污染的食物，可能導致致病性細菌感染人體組織並在其中繁殖，這些細菌可能產生有毒的化學物質，對人體健康造成不同程度的危害，如頭疼、腸胃不適、嘔吐、腹瀉、溶血、痳痺甚至死亡。
藥品污染。微生物對藥品質量的影響主要體現在兩個方面，一是可能導致藥物變質、失效，二是可能對人體健康造成危害，如感染、發熱、過敏、中毒等。
水體污染。某些病原微生物污染水體後可引起傳染病的流行，對人類健康造成極大危害。
黴菌污染。黴菌在潮濕溫暖的環境中大量繁殖，可能污染食品、藥品和其他物品，產生黴菌毒素，對人體主要毒性表現在神經和內分泌紊亂、免疫抑制、致癌致畸、肝腎損傷、繁殖障礙等。
酵母菌污染。食品受到酵母菌污染可能造成食物中毒，免疫力低的人群可能發生感染。
金黃色葡萄球菌污染。這種細菌可引起多種嚴重感染，如肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血症、膿毒症等全身感染。
其他類型污染。如霍亂弧菌引起的霍亂、沙門氏菌污染引起的腹瀉、嘔吐、腐敗細菌引起的食物腐敗、微生物尤其是黴菌引起的霉變損壞、以及微生物代謝產物引起的各種環境問題。
這些危害表明，微生物污染是一個嚴重的公共衛生問題，需要採取適當的預防和控制措施。