《德軍總部II新巨像》的故事發生在二戰期間的歐洲和北非，同時也涉及了一些未知的區域，如巨像島。在這個島嶼上，主角德軍軍官韋斯皮斯泰德被派去調查神秘的現象和敵人攻擊的原因。遊戲中的主要敵人包括盟軍、納粹和其他神秘組織，他們都有自己的目標和動機，推動著故事的發展。
在遊戲過程中，玩家將面臨一系列的挑戰和謎題，需要運用智慧和勇氣來解決。同時，玩家還可以與隊友合作，利用各種戰略和裝備來對抗敵人，保衛島嶼和自己的陣營。
總的來說，《德軍總部II新巨像》是一個充滿冒險和挑戰的故事，玩家需要運用智慧和勇氣來應對各種困難和敵人，保衛自己的陣營並揭開神秘現象的真相。