《忍者神龜3》的秘籍包括：
七條命和選擇關卡。在遊戲開始畫面，依次輸入「上上下下、左右左右、AB」。這樣進入遊戲後就可以自由選擇關卡難度和人數。
增加續關次數。在遊戲開始畫面，依次輸入「到逼右左右、左下下、上上」。這可以增加續關的次數。
挑（無限連擊）。當敵人只剩一個或幾個時，靠近它，按R鍵將敵人挑上天，然後按F鍵再挑一次。重複此過程，即使敵人的血量降至零也不會死亡。如果敵人不慎落地，趕緊按F鍵重新開始連擊。
鏢（持續攻擊）。將敵人誘至角落，不斷對敵人發射飛鏢，即快速按S鍵。這樣敵人會在鏢的攻擊下無法動彈。
繞（特定角色技能）。只有Donatello（老三）能使用的技巧。先是用任何招式將敵人打倒，然後追上去，按D鍵將敵人打上天。重複此過程，敵人會束手無策，直至血量耗盡。
這些秘籍可以幫助玩家在遊戲中更容易地通關。