忍者400的通病主要有兩點：
載物能力有限：忍者400是一款趴賽車型，缺乏載物能力。如果加裝尾包，會嚴重影響其外觀，使其看起來像「地平線」車型。因此，攜帶物品只能依靠背包，這使得在攜帶重物如購物商品時變得不便。此外，不建議將物品掛在車把、保險槓或後視鏡上，因為這樣做非常不安全。
前後牙盤齒比問題：忍者400的泰產原廠牙盤齒比為14-41，而進口到國內的版本為了符合排放法規，改成了15-35。這樣的改變導致低扭變差，起步時需要補油，與150/250排量的車型相比，起步速度較慢。此外，1、2擋怠速時車速較快，堵車時蠕行時需要頻繁捏離合，這與其他車型如250SR相比，操作起來不太方便。因此，對於21款忍者400，建議更換前後牙盤和鏈條，而對於21款之前的車型，建議更換ECU、前後牙盤和鏈條，以改善這些問題。