《拳皇16》中包含了一些經典角色和新角色，以下是一些詳細介紹：
草薙京。他是守護神器「草薙劍」的草薙流古武術繼承者，擁有赤炎能力。自1994年起，草薙京一直參加KOF大賽，並在KOF95中成為主角。他與庵和千鶴一起封印了大蛇，拯救了世界。
伊莉莎白。她性格嚴肅，對事物持有嚴厲的評判。伊莉莎白對阿修奪取三神器力量感到憤怒，並決心阻止阿修。
阿修。初次登場於《拳皇2003》，是《拳皇2003》至《拳皇XIII》中的主人公。阿修以反面人物身份活躍，最後以自己的意識阻擾祖先消滅人類的企圖。
草薙柴舟。他是草薙流古格鬥術的上一代繼承者，也是草薙家族的家主。草薙柴舟與盧卡爾的連續戰鬥是相當棘手的對決。
希爾薇。她是秘密組織音巢(NESTS)的殘黨，擁有操控電磁的能力。希爾薇的能力突破極限後，在地下格鬥界活躍。
美杏。她是《拳皇14》中的新角色，將川劇與中國武術融合的女戰士。美杏在地下格鬥界活躍，但害怕別人看見真實的自己。
K'。他是NESTS組織的最強改造戰士，擁有草薙京所移植的「赤炎」能力。K'叛離組織後，參與了多個KOF大賽，並在其中扮演重要角色。
馬克西瑪。她是NESTS組織的改造戰士，與K'一同叛離組織並與之對抗，幫助K'毀滅了NESTS。
薇普。她是由NESTS製造的複製人，本體為K'的姐姐Seirah。薇普在得知自己身世後，脫離了怒隊，並加入了K'的一行。