拼櫃（LCL，Less Than Container Load）和整櫃（FCL，Full Container Load）在運輸方式、貨物種類、費用計算、通關手續和靈活性方面有區別。具體如下：
運輸方式不同。拼櫃是將多個客戶的貨物拼配在一個貨櫃內，適用於貨量較小的客戶，可以節省運輸時間和風險；整櫃是一次性將貨物裝到一個貨櫃內，直接從起點運輸到終點，適用於貨量較大的客戶。
貨物種類不同。拼櫃適合運輸不太急切的貨物，如小批量生產的貨物、補貨等，貨物類型不受限制；整櫃適合一些貨物種類比較特殊的客戶，例如超大型機器、設備等。
費用計算不同。拼櫃的費用通常比整櫃低，拼箱運費只有基本運費，根據實重和體積重取較大的來計費；整櫃運費分為三部分，總運費等於基本運費加港口附加費加燃油附加費。
通關手續不同。拼箱貨物需要在發達的沿海口岸交貨，適合在內地口岸裝運；整箱貨物可以直接在內地口岸裝運，整箱貨正好符合出口和進口國家的海關查驗、封關、放行的最小單位，一批貨物只要出口人和進口人提交的單據合理合法並且完整無缺，出口海關和進口海關辦妥相關手續和徵收相關稅費以後，都會很快予以通關放行。
靈活性不同。拼箱貨物需要運輸公司額外招攬併合理搭配一些裝運港、目的港、交貨期、貨物的品種、體積、重量等各方面的條件都很適宜配進同一個貨櫃的出口貨物；整櫃是由發貨人負責裝箱、計數、積載並加以鉛封的貨運。