挑取菌落的工具包括以下幾種：
顯微鏡：用於觀察細菌的形態、顏色等特徵，是進行分類鑑定的基本工具。但顯微鏡價格較高，需要一定的科學實驗基礎和技能。
口香糖棒：攜帶方便且價格低廉，通過在物體表面滾動來採集細菌樣本。但容易受外界環境影響，採集準確性有待提高。
消毒棉簽：操作簡單且不易出錯，適用於採集不易直接觀察的細菌樣本。但攜帶不便，需要保持高度衛生和消毒。
生物安全櫃：提供高效的實驗保護和細菌防護，適用於複雜和高級的細菌實驗。
刀片刮取法：使用滅菌刀片刮取皮屑或甲屑，但可能造成疼痛、局部滲血和交叉感染。
透明膠帶法：使用透明膠帶粘取培養菌落表面，適用於粘取後鏡下觀察，不破壞分生孢子結構。膠帶的選擇和貼上方法對檢查效果有影響。
止血鉗鉗夾法：使用無菌止血鉗來挑取菌落。