捷克的大學系統非常豐富，其中包括：
捷克理工大學（Czech Technical University in Prague）。位於首都布拉格，成立於1707年，是中歐地區最古老的理工大學，也是代表捷克工程水平最高的大學。該校在尖端科技和工程領域有著悠久的歷史，傳承了多位偉大科學家，如物理學家克里斯琴·約翰·都卜勒和化學家弗拉迪米爾·普雷洛格。
查理大學（Charles University）。成立於1348年，位於布拉格，是捷克共和國乃至整個阿爾卑斯山以北、巴黎以東的最古老的大學。它與博洛尼亞大學、巴黎大學和牛津大學並稱歐洲文化中心。查理大學是歐洲大陸的研究型大學和中歐地區的文化中心，誕生了4位諾貝爾獎得主，以及著名天文學家約翰內斯·克卜勒、物理學家恩斯特·馬赫等傑出校友。
此外，捷克還有其他著名大學，如布拉格經濟大學、馬薩里克大學等，分別位於布拉格和布爾諾，提供了廣泛的學科選擇和高質量的教育。