捻佛珠的方法主要分為以下幾種：
傳統方法。將念珠展開，使用右手的四指托住念珠。在念佛或持咒時，從母珠（最大的那一粒）旁邊的第一粒珠開始，用拇指下掐的方式念誦。每念誦一句或一個咒語後，就移動到下一粒珠。當回到母珠時，再從第一粒珠開始，確保不要跨越或直接越過母珠。
不同部的掐珠方法。《攝真實經》和《蘇悉地經》等經典中提到了不同部位在持念珠時的具體手法，如佛部使用右手拇指與食指掐之，金剛部使用右手拇指與無名指掐之，蓮花部和羯磨部則使用右手拇指與四指掐之。
特殊情況下的處理。如果念珠的繩子斷了，這並不是不祥的預兆，而是正常的磨損或折毀。此時只需換上一條新的繩子即可繼續使用。
除了上述基本方法外，還有一些注意事項和禁忌，例如在念誦時不要手腕上帶著念珠去衛生間，不要在夫妻同睡的情況下戴念珠或者放在床邊，以及在使用和佩戴念珠時應保持清淨等。