撒哈拉沙漠的形成原因主要有自然原因和人為原因兩種說法：
自然原因：
氣候條件：撒哈拉沙漠位於北非，常年受副熱帶高壓區控制，盛行從赤道飄來的乾熱下沉氣流，且非洲大陸的北部受副熱帶高壓帶控制的範圍大，乾熱面積廣。
地理位置：
北非靠近亞洲大陸，東北信風從東方吹來，該風不經過海洋，因此很乾燥。
北非東部有衣索比亞高原，阻擋了印度洋的濕氣，使內陸地區遠離海洋。
北非西海岸的金絲雀寒流由北向南流動，降低了沿海地區的溫度和濕度。
地形因素：北非地形單一，地勢平坦，乾熱氣流暢通無阻，形成的氣候極其單一，以至於沙漠遍布北非的每一個內陸地區。
人為原因：
人類過度開墾、砍伐樹木、破壞植被等，使撒哈拉地區的生態遭到極大的破壞，荒漠化日益嚴重，尤其在8000年前，撒哈拉還是綠洲的時候，人類的活動導致了撒哈拉的沙漠化。