整理卷宗的方法包括以下幾個步驟：
準備工具。需要準備一些基本的歸檔工具，如大夾子、線、穿線鑿子、剪刀和鉛筆。
整理材料。根據案件歸檔所需材料清單，將案件材料按順序整理，對於重複的材料，只保留一份，其餘可用碎紙機碎掉。
夾緊材料。將整理好的材料用大夾子夾緊，對齊，然後放入卷宗殼中。
做標記和打孔。在材料上做標記，然後使用打孔機在指定位置打孔，一般打三個孔。
穿線和綁紮。使用穿線鑿子和對摺的棉線，先穿過中間的孔，然後分別穿過其他兩個孔，綁緊。
完成封皮。移除夾子，合上卷宗封皮，並填寫相關信息。
標記頁碼和目錄。在每頁文書的左上角或右上角列印頁碼，並列印目錄便於查詢。
此外，還要確保文書的安全性和保密性，定期檢查和更新卷宗內容，以保持其準確性和完整性。