新疆有多所著名的高等教育機構，其中包括：
新疆大學。位於烏魯木齊，是國家「雙一流」世界一流大學建設高校，也是教育部與新疆維吾爾自治區人民政府合作共建的高校。
石河子大學。位於石河子市，是國家「211工程」重點建設高校，由教育部和新疆生產建設兵團共建。
新疆農業大學。位於烏魯木齊市，是新疆維吾爾自治區重點建設的大學，也是具有悠久歷史的高等農業學府。
新疆醫科大學。位於烏魯木齊市，是省屬重點大學，參與「卓越醫生教育培養計劃」。
此外，新疆還有新疆師範大學、塔里木大學、喀什大學、伊犁師範學院、新疆財經大學等學校，這些學校在新疆乃至全國都有一定的知名度和影響力。每所學校都有其特色專業和研究方向，提供了多樣化的高等教育選擇給新疆及周邊地區的學生。