施耐庵在明洪武三年（1370年）逝世，享年74歲。他的死因是受盡折磨，心力交瘁，最終因重病而死。施耐庵的遺體在淮安大香渠巷六號逝世，直到其孫輩文昱時才將靈柩復遷興化市施家橋一高地「獅子地」安葬，淮安王道生撰寫了墓志銘。