日本歷史上的三大幕府分別是：
鎌倉幕府：建立於1185年，由武將源賴朝建立。鎌倉幕府是日本幕府政權的開始，源賴朝消滅了中央貴族實權派平氏，掌握了國家實權。這一時期的武士道精神形成，天皇權力逐漸流失，最終在後醍醐天皇的領導下，鎌倉幕府於1333年被消滅。
室町幕府：建立於1336年，由足利尊氏建立。室町幕府在鎌倉幕府滅亡後興起，足利尊氏攻占京都並立光明天皇為傀儡。室町幕府時期形成了南北朝時代，最終在第三代將軍足利義滿的統治下實現了南北朝的統一，天皇再次成為傀儡。
江戶幕府（也稱為德川幕府）：建立於1603年，由德川家康建立。江戶幕府是日本歷史上最後一個幕府政權，結束了戰國時代的混亂，通過強化的中央集權統治，德川家康認識到前朝制度的不完備，為了穩固政權而建立幕府。江戶幕府一直持續到1867年，最終被明治維新所取代。
以上三大幕府的統治者被稱為征夷大將軍，簡稱將軍，或幕府將軍。他們不僅是幕府的最高統治者，也是日本的實際統治者，而天皇則成為了他們的傀儡。